إن العديد من أورام الجهاز المعدي المعوي السدوية (GIST) لا تسبب في المقام الأول أي أعراض غير عادية أو غير سارة للمريض، لذلك فهي في كثير من الأحيان تكون كبيرة جدا قبل أن يتم إكتشافها. وكثيراً ما تكتشف تلك الأورام أثناء الجراحة الطارئة لانثقاب غير متوقع في الجهاز الهضمي وما يترتب على ذلك من نزيف.
يعتمد نوع الأعراض ومتى تحدث لأول مرة على حجم وموقع الورم.
إذا كان الورم يقع في المعدة أو الاثنى عشري، فيمكن أن تكون أول العلامات هي الشعور بالامتلاء والألم ونزيف في الجهاز الهضمي (براز أسود) أو الغثيان. غالبا ما يصل حجم الأورام في الأمعاء الدقيقة إلى حجم ملحوظ قبل الضغط الذي تسببه على أجهزة أخرى مما يؤدي إلى الألم والنزيف أو الإمساك. يمكن أن تسبب الأورام في الأمعاء الغليظة إلى ظهور دم في البراز، جنباً إلى جنب مع الإمساك. يمكن أن تؤدي الأورام الأولية في المريء إلى صعوبات في البلع.