Η στενή παρακολούθηση των ασθενών με GIST είναι απαραίτητη. Τα διαστήματα παρακολούθησης – κάθε 3 με 6 μήνες – εξαρτάται από την εκτίμηση κινδύνου, τους τρόπους εξέτασης, το σημείο του πρωτοπαθή όγκου και των μεταστάσεων. Οι πιο συνήθεις μέθοδοι παρακολούθησης είναι οι ακόλουθοι: Φυσική κλινική εξέταση όλου του σώματος, υπέρηχος (περιορισμένη μέθοδος), ανάλυση αίματος και πάνω απ’ όλα αξονική (καθιερωμένη μέθοδος) κοιλίας. Άλλες εξετάσεις μπορεί να προστεθούν αναλόγως του εντοπισμού του όγκου και του βαθμού επέκτασης της νόσου, όπως επίσης του σταδίου, της θεραπείας, αλλά και της γενικότερης κατάστασης του ασθενούς.
Προσοχή: Και με δικό τους ενδιαφέρον, οι ασθενείς με GIST πρέπει να επιμένουν σε μακροχρόνια (αναλόγως και της νόσου του καθενός) στενή παρακολούθηση. Ακόμα και ασθενείς με τοπική νόσο ή που έχουν ολοκληρώσει επικουρική θεραπεία με imatinib πρέπει να βρίσκονται σε παρακολούθηση για πάνω από 5 έτη, καθώς υποτροπή δύναται να συμβεί ακόμα και μετά από πολλά χρόνια.