Πολλά GISTs στην αρχή δεν προκαλούν κάποιο ασυνήθιστο ή ενοχλητικό σύμπτωμα, οπότε είναι πολλές φορές αρκετά μεγάλα όταν ανακαλύπτονται. Αυτοί οι όγκοι συχνά αναχνεύονται κατά τη διάρκεια χειρουργείου που διενεργείται σε επείγουσα βάση, λόγω μη αναμενόμενης διάτρησης του γαστρεντερικού σωλήνα με αποτέλεσμα αιμορραγία.
Τα είδη συμπτωμάτων και το πότε εμφανίζονται εξαρτάται από το μέγεθος και την εντόπιση του όγκου.
Όταν ο όγκος εντοπίζεται στο στομάχι ή στο δωδεκαδάκτυλο, τα πρώτα συμπτώματα μπορεί να είναι αίσθημα πληρότητας, πόνος, γαστρεντερική αιμορραγία (μαύρα κόπρανα) ή ναυτία. Όγκοι στο λεπτό έντερο συχνά φτάνουν σε ένα αξιοσημείωτο μέγεθος προτού η πίεση σε γειτονικά όργανα να προκαλέσει πόνο, αιμορραγία ή δυσκοιλιότητα. Όγκοι στο παχύ έντερο μπορεί να προκαλέσουν αίμα στα κόπρανα ταυτόχρονα με δυσκοιλιότητα. Πρωτοπαθείς όγκοι στον οισοφάγο μπορεί να οδηγήσουν σε δυσκολία στην κατάποση.