Muchos GIST no causan, en primer instancia, ningún síntoma atípico o desagradable, por ello suelen crecer tanto antes de que los descubran. Esos tumores con frecuencia son detectados durante una cirugía de urgencia por una perforación inesperada del tracto intestinal y su consecuente hemorragia.

El tipo de síntomas y cuándo ocurren por primera vez depende del tamaño y la localización del tumor.

Si el tumor está situado en el estómago o en el duodeno, los primeros signos pueden ser una sensación de lleno, dolor, hemorragias gastro-intestinales (heces de color negro) o náuseas. Los tumores de intestino delgado alcanzan a menudo un tamaño considerable antes de ejercer presión en otros órganos que sí produce dolor, hemorragias o estreñimiento. Los tumores en el intestino grueso pueden producir sangrado en las heces, además de estreñimiento. Los tumores primarios en el esófago pueden producir dificultades de deglución.