GISTの患者への綿密なモニタリングは不可欠です。アフターケアの頻度は3～6カ月毎となり、リスク群、検査法、原発腫瘍や転移巣の位置によって決まります。現在最も重要な検査は、全身の診察、超音波検査（限界あり）、血液分析（臨床検査値）、そして何より腹部のCTスキャン（標準！）です。また、病巣の位置と広がりの程度、病期、治療法、患者の全身状態によっては他の検査も実施される場合があります。

注意：GISTの患者ご自身のために是非、長期的なモニタリング、また病態によっては綿密なモニタリングを行ってもらえるよう、強く主張するようにしてください。限局性GISTの場合あるいはイマチニブによる術後補助療法を完了した場合であっても、長い年月が経ってからGISTが再発する可能性は否定できません。したがって、その先5年間を優に超える経過観察が必要です。