軟部肉腫に対しては、いくつかの治療選択肢がありますが、肉腫の種類（タイプ）および疾患の病期（限局性／進行性）によって選択されます。通常、軟部肉腫の治療は「集学的」です。これは単に、異なる治療法を併用する、順次に施行する、ときには同時併用することを意味します。
特に腫瘍が他の臓器に転移している場合、治療戦略の決定は、腫瘍の種類とその転移の仕方に左右されるため、非常に複雑です。
注意：治療方針は、常に、集学的チームによって決定されるべきです！
手術
肉腫と診断されたほとんどの患者は、治療計画の一部として手術を受けます。いわゆる限局性軟部肉腫の（腫瘍が依然としてその原発巣に限局している）場合、腫瘍の切除が標準治療であり、放射線療法および化学療法と併用される場合もあります。大部分の治癒は外科手術（手術、切除）によって得られます。
外科医は、腫瘍を切除するとき、腫瘍を取り囲む正常組織も切除します。そうすることで、腫瘍再発のリスクが低下します。
手術は、局所的な設定において主要な役割を果たすだけでなく、原発腫瘍の切除、他の病変または転移巣の切除、あるいは特定の症状や不快感の軽減のためなど、治療上のさまざまな理由によっても行われます。
注意：手術は、この疾患の治療について特別な訓練を受けた外科医が実施するべきです。
放射線治療
放射線療法は、術後に腫瘍組織を区域的または局所的に破壊するために用いられます（術後補助療法）。しかし、軟部肉腫の治療においては、放射線治療を単独で使用することはごくまれです。腫瘍を切除できない、または視野が非常に限られるなどのために手術が不可能な場合には、放射線治療が主要な治療法になる可能性があります。
軟部肉腫の場合、放射線治療は通常、術前、術中、または術後に使用されることがあります。多くの肉腫では、手術と放射線療法との併用が標準的です。後者は、例えば、術後に残った顕微鏡的な細胞から発生する可能性のある区域的または局所的な再発を回避するために、外科的に切除できなかった隣接病変を破壊すると考えられています。
全身療法：化学療法および標的治療(分子標的療法)
手術と放射線療法は局所的な治療法ですが、化学療法は全身治療です。 疾患のステージ（病期）に応じて、根治的治療、術前補助療法（ネオアジュバント）、術後補助療法（アジュバント）、または緩和治療として実施されることがあります。 細胞増殖抑制薬は、個々に（=単剤療法）、組み合わせて（=多剤療法または併用療法）、または特定の順序で投与されることがあります。
治療法の決定は、治療法の承認状況、特定の分類のがん（サブタイプ）に対する有効性の実証、疾患の病期、治療目的、予測される副作用、全般的な患者の健康状態、および患者個人の状況など、いくつかの条件に左右されます。
最もよく使用される化学療法薬は、ドキソルビシンおよびイホスファミドですが、ダカルバジン（DTIC）、ドセタキセル、ゲムシタビン、パクリタキセルおよびエリブリンも使用されます。
長年にわたり、肉腫における治療的革新はほとんどありませんでした。2007年になって、トラベクテジンが軟部肉腫の治療薬として承認されました。この薬剤は、疾患がすでに転移している場合（進行期）、または最初の化学療法（= 一次治療）が無効であると判明したか、忍容性がない可能性があった場合に使用できます。
化学療法とは別に、軟部肉腫の特定のタイプに対しては、より新たな標的治療が選択肢になる可能性があります。すなわち、GIST（消化管間質腫瘍）およびDFSP（隆起性皮膚線維肉腫）に対するイマチニブ、GISTに対するスニチニブ、GISTに対する米国で承認されたばかりのレゴラフェニブ、進行性軟部肉腫の特定のタイプに対するパゾパニブが挙げられます。