Konieczne jest ścisłe monitorowanie pacjentów chorych na GIST. Odstępy między kolejnymi badaniami – co 3 do 6 miesięcy - zależą od grup ryzyka, metod badania, lokalizacji pierwotnego nowotworu i przerzutów. Najważniejsze obecne metody badania to: ogólne badanie ciała,badanie ultrasonograficzne, badanie krwi / wartości laboratoryjne, a przede wszystkim badanie tomograficzne (standard!) brzucha. Inne badania mogą być także zastosowane, w zależności od miejsca i stopnia rozprzestrzeniania się choroby oraz jej etapu i terapii, a także ogólnej sytuacji zdrowotnej pacjenta.
Uwaga: pacjenci z GIST-em powinni we własnym interesie nalegać na długotrwałą i (w zależności od indywidualnego stanu chorobowego) ścisłą kontrolę. Nawet u pacjentów ze zlokalizowanym GIST-em lub pacjentów, którzy zakończyli leczenie uzupełniające Imatinibem, należy przeprowadzać badania kontrolne przez ponad 5 lat, ponieważ nawrót może nastąpić po wielu latach.