GIST sind maligne Tumoren des Bindegewebes im Gastrointestinaltrakt (Magen und Darm). Sie werden als Sarkome klassifiziert, die etwa 1 % aller Krebsdiagnosen ausmachen. Sarkome entstehen aus den Zellen des Bindegewebes, der Knochen, Muskeln, des Fettgewebes, der Nerven, Blutgefäße und des Knorpelgewebes. Primäre GIST treten am häufigsten im Magen auf (50-70 %), gefolgt vom Dünndarm (20-30 %). Tumore im Enddarm, Zwölffingerdarm und in der Speiseröhre sind dagegen sehr selten.

Man schätzt, dass bei 1-1,5 von 100.000 Personen GIST diagnostiziert wird. Mit anderen Worten, die Wahrscheinlichkeit, dass ein Patient diese Diagnose erhält, liegt bei 1-1,5 zu 100.000. Obgleich die Diagnose bei den meisten Patienten im Alter von 55 bis 65 Jahren gestellt wird, treten GIST auch bei jungen Erwachsenen und Kindern auf. Diese werden als pädiatrische GIST bezeichnet und es handelt sich dabei oft um Wildtyp-Tumoren. Das bedeutet, dass sie im Gegensatz zu „normalen“ Tumoren nicht auf eine Mutation zurückzuführen sind.

Leider bleiben GIST im Frühstadium häufig unbemerkt, da sie lediglich leichte Symptome wie z. B. Magenschmerzen oder überhaupt keine Symptome verursachen. Die Folge ist, dass viele GIST bei der Diagnosestellung häufig bereits zu groß sind, um diese auf chirurgischem Weg zu entfernen. Die chirurgische Entfernung des Primärtumors gilt in Fällen, in denen sich keine Metastasen entwickelt haben, als einzige Chance auf eine „Heilung“. Je länger sich der chirurgische Eingriff verzögert, desto größer ist das Risiko für die Entstehung einer metastasierten Erkrankung, die eine lebenslange Therapie erfordert. Daher weisen etwa die Hälfte aller Patienten bei der Diagnosestellung bereits Metastasen auf. Mit anderen Worten heißt das, dass sich weitere GIST-Tumoren in anderen Körperteilen entwickelt haben, beispielsweise in der Leber, der Bauchhöhle oder in anderen Bereichen des Bauchraums. Sehr selten finden sich metastasierende Tumoren auch an anderen Stellen wie z. B. in der Lunge, in den Knochen, im Gehirn oder in den Lymphknoten.

GIST entstehen (wie viele andere Krebsarten) durch eine Störung der normalen Interaktionen zwischen den Körperzellen, die dafür sorgen, dass die Zellen sich selbst regenerieren, während die „alten“ Zellen absterben. Dazu werden Signale an die Zellrezeptoren gesendet, welche die entsprechenden Befehle übermitteln. Schlägt dieser Vorgang fehl, so wachsen die Zellen einfach weiter und es entsteht ein Tumor. Die beiden wichtigsten genetischen Wachstumsfaktorrezeptoren werden KIT und PDGFRA genannt. Bei 90-95 % der GIST-Patienten können Mutationen in einem dieser Gene nachgewiesen werden. Sie verursachen die unkontrollierte Zellteilung, die zu der Krebserkrankung führt. Eine entscheidende Frage bei der Festlegung der geeigneten Therapie für einen bestimmten GIST ist die Bestimmung des Mutationstyps.