Un attento monitoraggio dei pazienti con GIST è essenziale. Gli intervalli di valutazione - ogni 3 a 6 mesi - dipendono dalla categoria di rischio, dalle modalità di indagini da eseguire, dalla localizzazione del tumore primario e delle metastasi. Le modalità più importanti di indagine attualmente sono le seguenti: esame generale dell’organismo, ecografia / ultrasuoni (limitata), analisi del sangue/ indagini di laboratorio, e soprattutto TAC dell'addome (standard!). Anche altri esami potrebbero essere utilizzati, a seconda della localizzazione, del grado di diffusione della malattia e della condizione generale di salute del paziente.

Attenzione: nel loro stesso interesse, i pazienti con GIST devono insistere su un monitoraggio a lungo termine e ravvicinato (a seconda della condizione individuale di malattia). Anche i pazienti con GIST localizzato o che hanno completato la terapia adiuvante con Imatinib dovrebbero essere sottoposti a ulteriori follow-up per oltre 5 anni, dal momento che le recidive si possono verificare anche dopo molti anni.