Molti GIST all’inizio non causano sintomi insoliti o spiacevoli, per cui sono spesso di grandi dimensioni prima di essere individuati. Questi tumori sono spesso scoperti durante un intervento chirurgico di emergenza per una inattesa perforazione del tratto gastrointestinale e conseguente emorragia.

Il tipo di sintomi e quando essi per la prima volta si presentano dipende dalla dimensione e dalla localizzazione del tumore.
Se il tumore si trova nello stomaco o nel duodeno, i primi segnali potrebbero essere una sensazione di pienezza, dolori, emorragie gastrointestinali (feci nere) o nausea. I tumori del piccolo intestino spesso raggiungono dimensioni notevoli prima che la pressione che essi esercitano su altri organi porti a dolore, emorragie, o costipazione. I tumori nell'intestino crasso possono causare sangue nelle feci insieme a costipazione. I tumori primari nell'esofago possono portare a difficoltà di deglutizione.