Wiele GIST-ów nie powoduje początkowo u pacjenta żadnych niezwykłych lub nieprzyjemnych objawów, więc gdy zostaną odkryte często są dość duże. Nowotwory tego typu są często odkrywane podczas operacji przypadku pilnego, takiego jak perforacja przewodu żołądkowo-jelitowego i związanego z tym krwawienia.

Typ objawów i ich występowanie zależy od wielkości i umiejscowienia nowotworu.

Jeśli nowotwór znajduje się w żołądku lub dwunastnicy, pierwsze objawy mogą być następujące: uczucie pełności, ból, krwotoki żołądkowo-jelitowe (czarny stolec) lub nudności. Nowotwory w jelicie cienkim często osiągają zauważalny rozmiar, zanim ciśnienie wywierane na inne narządy doprowadzi do bólu, krwotoków lub zaparć. Nowotwory w jelicie grubym mogą powodować obecność krwi w stolcu, a także zaparcia. Pierwotne guzy w przełyku mogą powodować trudności w połykaniu.