La plupart des patients atteints de GISTs ne souffrent d’aucun symptôme ou de désagrément physique au début de la maladie, c’est pourquoi les tumeurs sont généralement assez grosses ou métastasées lorsqu’elles sont diagnostiquées. Elles sont souvent découvertes à l’occasion d’une chirurgie réalisée en urgence suite à une perforation gastro-intestinale inattendue ou à une importante hémorragie digestive.

La nature des symptômes et le moment où ils surviennent pour la première fois dépendent de la taille et de la localisation de la tumeur. Si la tumeur est située au niveau de l’estomac ou du duodenum, les premiers signes peuvent être une sensation de lourdeur permanente à l’estomac ; des douleurs abdominales, des hémorragies digestives (selles noires ou vomissements de sang) ou des nausées répétées. Les tumeurs de l’intestin grêle ont généralement atteint un volume conséquent lorsqu’elles commencent à exercer une pression sur les autres organes, provoquant ainsi douleurs, hémorragies (selles noires) ou constipation.  Les tumeurs du gros intestin peuvent occasionner la présence de sang dans les selles, souvent associée à de la constipation. Les tumeurs primitives de l’oesophage peuvent conduire à des difficultés de déglutition.